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朱怀球——生物信息学专家、北京大学教授

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最后更新：	2015-03-23

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专家信息：

朱怀球——生物信息学专家，男，博士。现任北京大学工学院生物医学工程系教授、博士生导师，湍流与复杂系统国家重点实验室、北京大学定量生物学中心、北京大学蛋白质科学中心的成员，国家自然科学基金创新群体“生物网络研究”成员。

教育及工作经历：

1992年获华中理工大学（现华中科技大学）力学系工程力学专业工学学士学位。

1997年获北京大学力学系流体力学专业理学硕士。

2000年获北京大学力学系流体力学专业博士学位。

2001年至2002年北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室、理论生物学中心博士后，转向计算生物学跨学科领域研究。

2003年至2006年北京大学力学与工程科学系讲师、副教授。

2006年3月北京大学工学院生物医学工程系副教授。

2007年9月至2008年8月赫尔辛基大学芬兰基因组中心访问学者。

社会任职：

1．中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会委员。

2．国际期刊Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology (IJCIBSB)副主编。

3． Dataset Papers in Biol.编委。

4． Hans J. Comput. Biol. (HJCB)编委。

5．《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology (IJCIBSB)》副编辑。担任《Nucleic Acids Res.》、《Bioinformatics》、《BMC Bioinformatics》、《BMC Genomics》、《Journal of Theoretical Biology》、《Journal of Bioinformatics and Computational Biology》、《IEEE Transactions on Signal Processing》以及《中国科学》、《生物化学与生物物理进展》和《生物物理学报》等学术期刊论文审稿人。

科学研究：

研究方向：

主要从事生物信息学，计算系统生物学的研究。

承担科研项目情况：

先后主持和合作承担国家自然科学基金、国家科技部973计划等国家级项目十余项。

1．国家自然科学基金重大研究计划培育项目“极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究”，2013-2015，主持。

2．北京大学工学院——医学部交叉学科联合研究种子基金项目“ICU医护环境数字化研究”，2012-2013，主持。

3．国家科技部十二五国家科技支撑计划项目“肠道微生物与脑肠轴功能交互作用平台研究”，2012-2016，参与。

4．国家自然科学基金重点项目“神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用”，2012-2016，参与。

5．北京大学临床医院合作专项“肠道微生物与消化代谢相关疾病研究平台”，2012-2015，参与。

6．北京市优秀博士学位论文指导教师科技项目“宏基因组的生物信息学方法和技术”，2011-2013，主持。

7．国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题“视觉假体的信息处理及编码理论研究”，2011-2016，负责。

8．国家自然科学基金项目“人肠道微生物组的基因预测与序列拼接方法研究”，2010-2012，主持。

9．北大医工联合研究种子基金项目“肠易激综合征相关肠道菌群的系统生物学研究”，2010-2011，主持。

10．国家科技部科技重大专项“高成药性先导化合物设计与优化技术研究”，2009-2010。

11．国家自然科学基金项目“基于翻译起始机制的原核基因组比较的生物信息学研究”，2008-2010，主持。

12． GaTech/Emory University --Peking University BME联合种子基金项目“New gene finding methods for shotgun DNA sequences of microbial communities coexisting with a human host”，2008-2009，主持。

13．北京大学工学院青年人才基金“基因预测新方法以及比较基因组学研究”，2006-2009，主持。

14．国家自然科学基金项目“真核基因预测新算法的研究”，2004-2006，主持。

15．国家重点基础研究发展计划（973计划）子项目“基于表达调控网络的基因功能预测”，2003-2008，负责。

16．国家自然科学基金数理学部SARS特别基金项目“SARS及其它冠状病毒演化的数学物理模型分析”，2003-2004，合作承担。

17．国家自然科学基金重大研究计划面上项目“真核生物基因转录调控的信息结构及作用原理”，2003-2006，合作承担。

科研成果：

主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法达到国际领先水平，并被应用于美国St. Louis华盛顿大学、英国Sanger研究所和法国原子能委员会（CEA Cadarche）等多项国际微生物基因组测序计划。

论文专著：

发表学术论文20余篇。

发表英文论文：

1. Chengwei Luo, Gang-Qing Hu, Huaiqiu Zhu, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.

2. Hong Kang, Xin-Qiu Yao , Zhen-Su She, Huaiqiu Zhu. Water-protein interplay reveals the specificity of alpha-lytic protease. Biochem. Bioph. Res. Co., 2009, 385: 165-169.

3. Gang-Qing Hu, Xiaobin Zheng, Yi-Fan Yang, Philippe Ortet, Zhen-Su She, Huaiqiu Zhu. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.

4. Huaiqiu Zhu, Gang-Qing Hu, Yi-Fan Yang, Jin Wang, Zhen-Su She. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.

5. Huai-Qiu Zhu, Gang-Qing Hu, Zheng-Qing Ouyang, Jin Wang, Zhen-Su She. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.

发表中文论文：

1 A novel gene identification method in metagenomic shotgun reads 刘永初; 郭江涛;朱怀球 北京大学工学院生物医学工程系理论生物学中心【中国会议】第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集 2010-10-06

2 A tool for assembling the metagenomic shotgun sequencing reads 赖彬彬; 丁若谷; 李阳; 朱怀球 北京大学工学院生物医学工程系理论生物学中心【中国会议】第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集 2010-10-06

3 Comparative study on the translation initiation mechanism in metagenomes 郭江涛; 刘璐瀛; 朱怀球 北京大学工学院生物医学工程系理论生物学中心【中国会议】第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集 2010-10-06

4 Epigenetic memory of p-pili expression controlled by pap operon in Uropathogen Escherichia coli 康宏; 李阳; 朱怀球 北京大学工学院生物医学工程系理论生物学中心【中国会议】第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集 2010-10-06

5 Leaderless genes in bacteria:clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes 郑晓斌; 胡钢清; 朱怀球 北京大学工学院生物医学工程系理论生物学中心; National Heart; Lung and Blood Institute; Bethesda; MD 20892 【中国会议】第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集 2010-10-06

6 致病菌及菌群基因组的生物信息学研究 朱怀球 北京大学生物医学工程系【中国会议】新观点新学说学术沙龙文集43：传染病的遗传易感性 2010-09-17

7 计算流体力学、CFD软件与工程服务吴江航; 朱怀球 北京大学湍流研究国家重点实验室; 北京大学湍流研究国家重点实验室【中国会议】中国土木工程学会计算机应用分会第七届年会论文集 1999-06-30

8 计算流体力学、CFD软件与工程服务吴江航; 朱怀球 北京大学湍流研究国家重点实验室; 北京大学湍流研究国家重点实验室【中国会议】中国土木工程学会计算机应用分会第七届年会土木工程计算机应用文集 1999-04-01

9 原核生物基因系统的统计模型及其应用余振苏; 朱怀球 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室; 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室【中国会议】北京力学会第11届学术年会论文摘要集 2005-01-01

10 致病性大肠杆菌CFT073菌株基因组的再注释胡钢清; 朱怀球 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室; 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室【中国会议】中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集（下册） 2007-04-01

11 一种基于翻译调控信号的原核生物基因组比较方法刘永初; 朱怀球 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室生物医学工程系; 理论生物学中心; 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室生物医学工程系【中国会议】中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集（下册） 2007-04-01

12 基于迭代自学习的操纵子结构预测吴文琪; 郑晓斌; 刘永初; 汤凯; 朱怀球 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室工学院生物医学工程系理论生物中心蛋白质科学中心【期刊】生物化学与生物物理进展 2011-08-09 14:29

13 蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学高萌; 姚新秋; 佘振苏; 刘志荣; 朱怀球 北京大学工学院; 北京大学理论生物学中心; 北京大学化学与分子工程学院【期刊】物理化学学报 2010-07-15

14 致病性大肠杆菌UPEC CFT073全基因组分析及致病机制的新认识罗成伟; 胡钢清; 朱怀球 北京大学工学院生物医学工程系; 理论生物学中心【期刊】生物物理学报 2009-08-15

15 CYP72B1基因和AUR3基因响应光、生长素和油菜素内酯的转录调控机制研究张长青; 王进; 朱怀球; 高翔南京大学生命科学学院; 医药生物技术国家重点实验室; 金陵科技学院园艺学院; 北京大学理论生物中心; 南京大学模式动物研究所【期刊】生物化学与生物物理进展 2009-09-15

16 基于剪接信号和调节元件序列特征的剪接位点预测方法孙宗晓; 桑凌洁; 居理宁; 朱怀球 北京大学工学院湍流与复杂系统国家重点实验室; 生物医学工程系; 理论生物学中心【期刊】科学通报 2008-10-08

17 原核基因翻译起始位点预测的新方法(英文) 胡钢清; 刘永初; 郑晓斌; 杨一帆; 佘振苏;朱怀球 北京大学生物医学工程系、湍流与复杂系统国家重点实验室; 北京大学理论生物学中心; Department of Mathematics; UCLA; Los Angeles; The Finnish Genome Center; University of Helsinki 【期刊】生物化学与生物物理进展 2008-11-15

18 SARS冠状病毒的起源和进化初探佘振苏; 杨铸; 欧阳正清; 朱怀球; 王超; 尹建鑫北京大学理论生物学中心; 湍流与复杂系统国家重点实验室; 北京大学理论生物学中心; 湍流与复杂系统国家重点实验室北京【期刊】北京大学学报(自然科学版) 2003-11-20

19 基于Voronoi Cells的自然邻点插值法在地形可视化中的应用谢经平; 朱怀球; 吴泰然; 潘懋北京大学地质系信息系统实验室; 北京大学力学与工程科学系; 北京大学地质系信息系统实验室; 北京大学地质系信息系统实验室北京【期刊】遥感信息 2002-03-30

20 一种基于Voronoi Cells的C~∞插值基函数及其在计算流体力学中的若干应用 朱怀球; 吴江航北京大学力学与工程科学系湍流研究国家重点实验室; 北京大学力学与工程科学系湍流研究国家重点实验室【期刊】北京大学学报(自然科学版) 2001-09-20

21 基于C~∞基函数的自然邻点插值(NNI)方法在科学计算可视化上的应用 朱怀球; 吴江航北京大学湍流研究国家重点实验室; 北京大学湍流研究国家重点实验室【期刊】计算机工程与应用 2001-01-01

22 基于Voronoicells的二维不规则自适应网格的生成及其应用 朱怀球; 王美秋; 程雪玲北京大学湍流研究国家重点实验室; 北京大学湍流研究国家重点实验室; 北京大学湍流研究国家重点实验室北京【期刊】计算力学学报 2002-02-15

23 含瓦斯煤在突然卸压下的开裂破坏谈庆明; 俞善炳; 朱怀球; 郑哲敏中国科学院力学研究所; 北京大学【期刊】煤炭学报 1997-10-25

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