盐育种为主的基础上，近年来加强了优质、高产小麦新品种的选育工作。经过我所科技人员的共同努力，已经育出3个有苗头的新品系，希望尽快选育出能为我市乃至全省小麦生产发挥巨大作用的新品种。
小麦研究所曾主持和参加了多个国家级、省部级项目：九十年代作为课题组成员参与了山东省三零工程的工作，德州市30万亩冬小麦精播高产技术开发试验研究。近几年作为课题组成员单位参与了山东省良种工程项目。2005年以来，先后主持和参与承担的省部级科研项目有：耐盐冬小麦细胞工程技术体系的建立 （国家重点科技攻关项目）、抗旱耐盐优质小麦新