害有莲藕腐败病、褐斑病、僵藕、食根金花虫和蚜虫等，以腐败病危害最为严重。腐败病以预防为主，具体措施有：①合理轮作，莲藕连作最好不超过3年，要与其他水生蔬菜或水稻轮作，最好水旱轮作；②选用无病藕田留种，并对藕种进行消毒；③彻底清除田间病残枝叶；④发病后应及时拔除初发病株并喷药控病，同时将病株带出田外销毁。由镰刀菌侵染致病的每亩拌细土撒施75%百菌清+50％的多菌灵（或70%甲基硫菌灵）（1:1）2 千克，撒入浅水中，2-3天后用45%噻菌灵（特克多）悬浮剂1 000倍液喷洒地上部。由腐霉菌侵染致病的可选用68%精甲霜锰锌（金雷