基础克隆了编码这两种脂氧合酶的cDNA；首次从水稻分离纯化了稻瘟菌诱导的脂肪酸过氧化物羟化环氧化酶；首次提出了植物基因组中存在诱导性的、与感病相关的基因的假设及其在持久抗瘟水稻基因工程中的应用方案，通过差异显示法从稻瘟菌感染的水稻叶中分离出4种诱导性cDNA，分离了其中部分基因的启动子；从尖孢镰刀菌侵染棉花中发现了一个与枯萎病症状表达相关的诱导性超氧歧化酶等。这些研究成果均具有明显的创新性和先进性。
彭友良先后为研究生主讲高级植物病理学、植病专业Seminar、分子植物病理学、分子植物病理学实验技术、分子植物病